三域系统是由 卡尔·乌斯 (Carl Woese)在1977年提出的细胞生命形式分类，将 原核生物 分成了两大类，起初称为 真细菌 （Eu 细菌界 ）和 古菌 （Archaebacteria）。Woese依据16S rRNA序列上的差别，认为这两类生物和 真核生物 一起从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别演化而来，因此将三者各置为一个“域”（Domain），作为比“界”高一级的分类系统，并分别命名为细菌域（ 细菌界 ）、 古菌 （ 古菌 ）和 真核生物 （Eukarya）。
然而，rRNA树有可能将演化太快的类群放错位置（比如微孢子虫）。有人认为生物的根应该在 真细菌 之内，很多真细菌的类群在 古菌 之前分支出来，很晚古细菌和 真核生物 才彼此分开。
简介
Woese依据16S rRNA序列上的差别﹐认为这两组生物和 真核生物 从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来﹐因此将三者各划为一类﹐作为比界高的分类系统，称作“域”(Domain)或者“总界”(Superkingdom)。1990年，Carl Woese为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，又把 三域目前这三域改称为细菌( 细菌界 )﹑ 古菌 ( 古菌 )和 真核生物 (Eukarya)。
然而﹐ 核糖核酸 树有可能将进化太快的类群放错位置(比如微孢子虫)。有人认为生物的根应该在 真细菌 之内﹐很多真细菌的类群在 古菌 之前分支出来﹐很晚古细菌和 真核生物 才彼此分开。