东南军政长官公署（1949年8月15日－1950年3月31日），设于台北介寿馆（今台湾当局领导人办公室厅舍）。
成立
1949年6月21日，已下野的 中国国民党 总裁蒋中正为检讨过去军事、政治、经济何以失败的总因，作为今后军事与复兴大业之依据，乃于 台北市 召开东南区军事会议，与会者包括东南区陆海空 三军 将领与党政各要员，会议以 陈诚 任主席。该会历时七日，会中一则重要决议，乃正式确立组织“东南军政长官公署”，统一指挥辖区内军事政治，确立中国台湾为复兴基地，将 嵊泗列岛 、 舟山群岛 、 福州市 、 厦门市 及中国台湾融合成一个攻守整体。设置“东南军政长官公署”一案的落实，则经台湾地区行政机构政务会议于7月18日通过，再经非常委员会追认，8月15日陈诚正式就任该公署长官， 林蔚 、 郭寄峤 、 罗卓英 、 郭忏 、 孙立人 、 汤恩伯 等六人则分任副长官，公署设于台北“介寿馆”，原计划下辖江苏、浙江、福建、台湾四省及 海南特别行政区 ，但海南始终未受东南军政长官公署管辖，改入华南军政长官公署，故最终实际辖有 江苏省 、 浙江省 、 福建省 、 台湾 四省。
影响
东南军政长官公署以及国民党中央非常委员会第二分会（辖东南区）的成立，更强化了 台湾省 主席 陈诚 原本享有的东南区党、政、军、财大权。该公署的作用，更反映在大陆撤台军队的整建（为当时台湾省防卫司令 孙立人 整编）与东南区战事（ 金门战役 与舟山 登步岛 之役）的指挥上。1949年12月7日台湾地区行政机构迁台搬入“介寿馆”后，公署与台湾地区行政机构不论在角色及功能上日益融合，1950年3月31日公署正式完成撤销工作，人员与业务多转移台湾当局领导人办公室及台湾地区行政机构。
所辖部队
东南军政长官公署 长官 陈诚 陆军上将
副长官 林蔚 、 郭寄峤 、 罗卓英 、 郭忏 、孙立人、 汤恩伯 （ 陆军中将 ）
参谋长兼任新闻、法制、政工宣传部门负责人 李树正 中将 （陆军中将）
办公室主任 章 金
下属 驻 潮汕地区 的 第十二兵团（司令官 胡琏 ）参谋长 杨维翰
十八军 二万多人 军长 高魁元 （陆军中将）（同时兼任十二兵团副司令官）（年龄40岁）
十一师 师长 刘鼎汉 少将 辖 三十一团、三十二团、三十三团（8000多人）
一一八师 师长 李树兰 少将 辖 三五二团、三五三团、三五四团（8000人左右）
四十三师 师长 鲍步超 少将 辖 一二七团 一二八团 一二九团（7500多人）
另有一个军部直属部队加强团、 炮兵团 和军文工队、医护队（含女军官30多人，女兵二百多人）
十九军 二万余人 军长 刘云瀚 （ 中将 ）（同时兼任十二兵团副司令官）（年龄37岁）
十八师 师长尹俊 少将 辖 五十二团、五十三团、五十四团（8000多人）
十三师 师长 吴垂昆 少将 辖 三十七团、 三十八团 、三十九团（6700佘人）
十四师 师长 罗锡畴 少将 辖 四十团、四十一团、四十二团（6000佘人）
另有一个军部直属部队特务团、炮兵团和军文工队、医护队（含女军官20多人，女兵一百多人）
六十七军 近两万人 军长 刘廉一 （陆军中将）（年龄36岁）（新组建的部队）