中国农业科学院 深圳农业基因组研究所成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和 深圳市人民政府 共同支持建设。 基因组 所通过整合 生物学 和 大数据 科学，来认识与利用农业生物基因组，服务全球农业生产。为此，基因组所成立了 组学 技术、 合成生物学 、植物基因组、动物基因组、生态基因组、食品科学等研究中心和相关技术平台。基因组所的长期愿景是致力于通过颠覆性创新来促进全球农业 可持续发展 ，服务于个性化食品供给体系，并提升人类健康水平和农民社会地位！
历史沿革
2014年4月25日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所在深圳 大鹏新区 挂牌成立；同年，获批成为 深圳市 二类事业法人单位。
2015年，正式获得中编办批复，是 中国 国内专门从事农业 基因组学 研究的国家级研究所。
2016年8月，取得中央事业单位法人证书，10月，获得财政部批复的中央预算户头，并开设中央国库支付账户。同时，成立了中央所党委、完成了研究所机构设置，并与深圳市沟通完成了干部协管、属地管理等事项。
科研条件
科研部门
截至2017年5月，研究所建设了1个农业部重点实验室，1个深圳市重点实验室，建设了深圳中农京跃生物技术有限公司、国家农业基因组科技创新联盟。
农业部重点实验室： 农业基因数据分析重点实验室
深圳市 重点实验室： 农业基因组表型分析与利用重点实验室
设备设施
•仪器设备
截至2018年7月， Illumina 的Miseq、Hiseq2500和Hiseq3000测试仪，测序量每周可以达2.5T的数据，相当于830个 人类基因组 数据； 分子生物学 公共平台拥有 荧光 定量PCR仪、超速 离心 等大型仪器设备，具备了开展分子生物学实验研究的基本条件。
截至2016年底，综合实验基地建成水稻育种试验区、温室、网室、冷藏室1万余平米，建设了30亩菊花资源圃。
合作交流
2016年2月23日， 南京林业大学 校长 曹福亮 院士到研究所开展银杏基因组合作。
2016年9月6日， 加拿大 卡尔加里大学 DaeKyun Ro教授来基因所学术交流。
2016年12月30日， 中国农业大学 杨淑华 教授来基因所进行学术交流。
2017年1月17日， 南京农业大学 陈素梅 教授来基因所开展学术交流。
2017年2月20日，特产所 杨福合 所长一行到 中国科学院北京基因组研究所 开展学术交流。
2017年3月30日， 哥本哈根大学 姜平平副教授应邀到基因组所学术交流。
2017年5月3日， 加利福尼亚大学河滨分校 徐士忠教授应邀到基因组所学术交流。
2017年6月13日，基因组所邀请优秀青年科学家开展学术交流。
2017年7月12日， 美国华盛顿大学 Sergey Ovchinnikov博士来研究所进行学术交流。
2017年7月20日，美国 康奈尔大学 Georg Jander博士访问 中国科学院北京基因组研究所 进行学术交流。
2017年7月24日， 左建儒 研究员和 刘宝辉 教授应邀来研究所进行学术交流。
科研成就
•综述
据2018年8月 基因组 所官网显示，基因组所在Science、Nature、 Cell 等顶级 学术期刊 上发表SCI论文100余篇，申请专利20余项，审定国审品种2个、省审品种6个；共获得各级科技经费超过2亿元，国家和省市级项目160余项，重大和重点项目20余项，国家级项目30余项。
2015年，该所职工以 第一作者 或通讯作者在SCI、EI、中文期刊累计发表文章共18篇。其中，院选顶尖SCI核心期刊3篇，院选核心SCI期刊12篇，中文期刊1篇，申请发明专利一项。
•代表性成果
熊国胜研究员和 樊伟 研究员为第一作者的成果入选科技部评选出的“2014年度中国科学十大进展”。
2014年7月和9月， 钱前 、熊国胜研究员在水稻品质调控方面的研究取得了突破，文章先后发表在Nature Genetics和Molecular Plant 上； 黄三文 研究员在 黄瓜卷 须发育的机制、番茄 生物钟 调控机制，为培育蔬菜新品种提供了指导； 黎志康 团队完成了3000份国际水稻资源的重测序的工作，完成2000份水稻 导入系 的SNP 基因型 鉴定及表型鉴定和1500份水稻核心 种质 基因组 的 生物信息学 分析；徐建龙团队培育的优质高产水稻新品种“广两优7203”已在试验基地进行示范种植，同时在 广西壮族自治区 、 广东省 、湖北等地已开展示范种植展示，向周边省市进行推广；阮 研究员的三代测序组装算法和 樊伟 研究员的变异检测算法也取得突破。
人才培养
•教学建设
3M鹏博计划旨在吸引海内外一流的优秀博士毕业生来所从事 博士后 研究；博士后在站三年间，提供100万的工资和补贴、100万科研经费和100万创业股权投资基金（出站时需有创业基础）。
文化传统
精神文化
所训： 潜心科研、努力创新创业
形象标识
所标外围为中英文对照的所名与英文简称，标志主体以 和平鸽 与麦穗的造型为结合体，采用扁平的“点线”进行设计，延伸出完整的“面”，象征着世界之间多元合作和融合并进，表达了中国农业科学院深圳农业基因组研究所与国际科研事业的紧密合作、共同进步和 可持续发展 的愿景。