根据省委办公厅、省政府办公厅《关于印发〈济南市人民政府机构改革方案〉的通知》（鲁厅字〔2009〕50号）和市委、市政府《关于济南市人民政府机构改革的实施意见》（济发〔2009〕17号），设立济南市交通运输局，曾为市政府工作部门。
职责调整
（一）将原市 交通局 的职责、市市政 公用事业 局城市客运管理职责，划入市 交通运输 局。
（二）将原由市城市管理行政执法局行使的市政公用管理方面法律、法规、规章规定的有关城市客运管理方面的行政处罚权职责，划入市交通运输局。
（三）取消已由国务院、省政府和市政府公布取消的行政审批事项。
（四）取消 养路费 、航道养护费、公路运输 管理费 、公路客货运附加费、水路运输管理费、水运客货运附加费等6项交通规费的管理职责。
（五）将交通运输行业的从业人员 技能培训 、行业资质认证、行业调查分析等工作交给 行业协会 。
（六）加强综合运输体系规划协调，优化 交通运输 布局，促进各种运输方式相互衔接，加快形成便捷、通畅、高效、安全的综合运输体系的职责。
（七）加强统筹区域和城乡交通运输协调发展，优先发展公共交通，大力发展农村交通，加快推进区域和城乡交通运输一体化的职责。
主要职责
（一）承担涉及综合运输体系的规划协调工作，会同 有关部门 组织编制综合运输体系规划，指导交通运输枢纽规划和管理。
（二）贯彻执行国家、省关于交通运输工作的方针、政策和法律、法规、规章；起草相关地方性法规、规章草案；拟订全市公路、水路行业、城市客运业的规划、计划、政策并组织实施；参与拟订现代物流业发展战略和规划；指导公路、水路行业有关体制改革工作。
（三）承担道路、水路运输市场监管责任；拟订道路、水路运输及城市客运有关政策、准入制度、运营规范并监督实施；按规定组织协调重点物资、紧急客货运输；监督指导道路、水路运输服务行业管理工作；负责城市地铁、 轨道交通 运营管理和城市客运管理；负责机动车维修行业监管工作；负责汽车驾驶 培训机构 的资格管理工作。
（四）承担水上交通安全监管责任；负责船舶（不含 渔业 船舶）及相关水上设施检验、登记、防止污染工作。
（五）承担公路、水路建设市场监管责任；拟订公路、水路工程建设相关政策、制度并监督实施；组织协调公路、水路有关工程建设和工程质量、 安全生产 监督管理工作；负责 交通运输 行业招投标活动的行政监督。
（六）负责全市国道、 省道 及其附属设施的建设、养护和管理；监督和指导 农村公路 的规划、建设、养护和管理；负责公路通行费征收工作。
（七）贯彻实施交通科技政策、技术标准和规范，组织行业科技开发，推动技术进步；负责公路、水路行业环境保护和节能减排工作；指导行业教育培训工作；负责相关行业统计，发布相关信息。
（八）受市政府委托，负责城市客运特许经营的具体实施工作；会同 有关部门 拟订城市客运价格和服务收费标准。
（九）指导 交通运输 方面的合作与交流；负责相关涉外运输的管理工作；指导行业投融资工作。
（十）指导公路、水路 安全生产 和应急管理工作；负责全市交通战备工作，承办市 中华人民共和国国防动员法 委员会的有关工作；负责交通稽查工作。
（十一）承办市委、市政府交办的其他事项。
内设机构
根据上述职责，市交通运输局设9个职能处室和离退休干部处。
（一）办公室（挂市交通战备办公室牌子）
组织协调局机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、档案、安全、保密、信息、督查、后勤管理服务、政府信息公开和市政府市民服务热线办公室转办事项的办理等工作；负责机关综合性文稿的起草工作；负责相关人大代表建议、政协委员提案的办理工作。
（二）政策法规处
组织起草 交通运输 地方性法规、规章草案；拟订有关交通运输政策；负责相关规范性文件的合法性审核工作；承担相关交通运输行政执法的组织协调和监督工作；承办相关行政复议和行政应诉工作；负责普法宣传教育和信访工作；监督和指导行业有关体制改革工作。
（三）组织人事处
负责机关和所属单位组织人事、机构编制等工作；指导交通运输行业人才队伍建设。
（四）发展规划处
组织编制全市综合运输体系规划，承担相关协调工作；拟订交通运输行业规划、计划并组织实施；参与拟订现代物流业发展战略和规划；负责综合分析、预测行业经济运行情况，引导行业优化结构、协调发展；承担有关环境保护、利用外资、行业统计工作；负责交通基本建设项目的规划、立项工作。
（五）财务审计处
负责编制 交通运输 系统年度财务计划；承担交通专项资金、预决算、 政府采购 有关工作；指导所属单位财务和国有资产管理工作；负责本系统的 内部审计 工作；会同 有关部门 拟订城市公共客运价格和服务收费标准；监督指导公路通行费征收工作；承担行业投融资的有关工作。
（六）城市客运管理处
参与拟订城市客运发展规划、计划并监督实施；负责城市客运相关设施建设的监管工作；负责城市客运的运营管理工作；负责城市客运特许经营权授予和对特许经营者的监管；负责城市客运相关事项的协调指导工作。
（七）建设管理处
负责公路、水路建设市场监督管理；拟订公路、水路工程建设的相关制度并监督实施，组织协调公路、水路有关工程建设和工程质量监督管理工作；承担公路、水路工程设计的监督管理、施工许可、竣工验收工作；负责 交通工程 建设项目招投标活动的行政监督；负责全市国道、 省道 及其附属设施的建设、养护和管理；监督和指导全市 农村公路 工程建设、养护、管理工作；负责公路路政管理和公路建设项目施工相关事项的审批工作。
（八）科技处
拟订 交通运输 行业科技政策并监督实施；组织行业科技开发，推动技术进步；组织协调有关重大科研项目研究；承担有关标准、质量和计量工作；指导公路、水路、城市客运行业节能减排工作；承担相关信息化建设工作；指导交通运输行业教育培训工作；负责驾驶员 培训机构 经营许可。
（九）安全监督处
拟订公路、水路、城市客运 安全生产 政策、办法和 应急预案 并监督实施；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担有关公路、水路 运输企业 和城市客运企业安全生产监管工作，组织或参与处理有关事故调查工作；指导公路、水路工程建设和维护的安全生产工作。
（十）离退休干部处
负责机关离退休人员的管理服务工作，指导所属单位离退休人员的管理服务工作。
其他事项
（一）建立全市综合运输体系的职责分工。市 交通运输 局牵头，会同市发展和改革委员会等部门建立全市综合运输体系协调配合机制。市交通运输局会同 有关部门 组织编制综合运输体系规划，承担涉及综合运输体系规划有关重大问题的协调工作。市发展和改革委员会负责全市综合运输体系规划与 国民经济 和社会发展规划的衔接平衡。
（二）水上交通安全监管的职责分工按市编委济编发〔2005〕17号文件执行。
（三）原市 交通局 所属事业单位整建制移交市交通运输局管理，其职责和编制事项另行规定。