2005年，《START Ⅲ（第三阶段削减 战略武器 条约）》缔结之日的前夜，在 阿拉斯加州 福克斯群岛之一的影子摩西岛上，正在演习中的猎狐犬特种（FOXHOUND）部队突然发动了武装起义。他们挟持为了采集新型武器的演习数据而来到此地的DARPA局长和阿姆斯军工的总裁作为人质，向 美国 提出了要求。 猎狐犬 先将次世代特种部队的基因士兵进行了洗脑，然后夺取了影子摩西岛的 核武器 废弃处理设施，自称为“大首领之子”发动了起义。
基本介绍
影子摩西岛
【影子摩西岛（Shadow Moses Island）】
【位置： 阿拉斯加州 福克斯群岛】
影子摩西岛事件 Shadow Moses Incident
起义后的猎狐犬部队由利奎德·斯内克（Liquid·Snake）任总指挥，部分高层队员为诱饵 章鱼 （Decoy· Octopus ）、意念 螳螂 （Psycho·Mantis）、狙击雪狼（Sniper·Wolf）、火神渡鸦（ Vulcan· Raven）和左轮山猫（Revoler·Ocelot）。他们的要求是让美国政府交出被称为“传说中的佣兵”——大首领的遗体。
美国政府所采取的对策是，让前FOXHOUND队员 索利德·斯内克 （Solid·Snake）单独潜入他们的基地，试着解决事件。索利德·斯内克被赋予的任务是，确认 猎狐犬 部队是否拥有核发射能力，若果真拥有的话则阻止其发射，另外还要救出人质。作为后方支援部队，美国政府召集了猎狐犬部队原司令官罗伊·坎贝尔（Roy Campbell ）等人。
在潜入影子摩西岛之后，索利德·斯内克虽然成功与人质取得了接触，但人质却相继神秘死去。拯救人质任务失败的 索利德·斯内克 得知了岛上正在开发Metal Gear Rex-“霸王”这件事，在 猎狐犬 新兵梅丽尔·希尔佛伯（Meryl·Silverburgh）以及Metal Gear霸王的开发者 哈尔·艾默里克 （Hal·Emmerich）的帮助下，斯内克决定找到PAL，然后阻止核发射。除 猎狐犬 队员的抵抗之外，还突然出现了一位极度渴望战斗的迷之机械忍者（Grey·Fox），这无疑使影子摩西岛的状况变的更加混乱。 索利德·斯内克 也曾一度被猎狐犬俘虏入狱。在用计逃出后，他得到了PAL，并与机械忍者一起成功破坏了Metal Gear Rex。
在这次作战中， 索利德·斯内克 是暗杀病毒“死狐”的携带者一事得到了证明。 五角大楼 企图利用死狐病毒将叛军和作为人质的阿姆斯军工的总裁一并抹杀，毁灭一切证据。最后索利德·斯内克在身体带有死狐病毒的状态下去了 阿拉斯加州 ，而Metal Gear Rex的技术数据则经由山猫之手泄露到了黑市上。