北京大学数学研究所是在我国已故著名数学家、教育家 程民德 院士的提议下于1980年由教育部批准成立的我国首批数学研究机构。1980年至1988年由程民德院士任数学所所长。1988年至2000年由 张恭庆 院士任所长， 邓东皋 、 程乾生 、 郭懋正 、 张继平 、 谭小江 、王长平、 王诗宬 和 蒋美跃 等教授曾在此期间任副所长。现任所长为 丁伟岳 院士，副所长为 张平文 教授和 宗传明 教授。
历任领导
第一任所长程民德院士(1917-1998) 程民德，数学家，数学教育家。江苏吴县人。1940年毕业于 浙江大学 。1949年获美国 普林斯顿大学 博士学位并留校进行博士后研究，后任北京大学教授。主要从事 数学与应用数学 特别是调和分析方面的研究与教学工作并取得多项很有影响的成果。在多重三角级数唯一性理论、多重傅里叶级数求和与逼近理论方面作出了开创性并有深远影响的成果。中国多元调和分析研究的先驱和学术带头人。对有限华尔希变换作了系统研究，奠定了此变换的理论基础、对运用此变换于图象处理提供了理论依据并作出了优秀成果。程民德先生于1980年当选为中国科学院院士（学部委员）。
北京大学数学研究所挂靠在 北京大学数学科学学院 。在历任领导和数学所同仁的努力下，数学研究所为数学学院的学科发展和人才培养做出了巨大贡献。数学所建立了一项广为称道的制度：即研究所人员两年轮换一次，将部分活跃在教学科研一线的教师（特别是青年教师）适时的换到研究所工作，使他们在繁忙的教学任务之外，能有一段时间专心致志地从事科研工作。在研究所的成员大都承担国家自然科学基金重点项目、面上项目、青年科学基金以及其它科研项目，许多人在所期间做出了很好的工作，获得过各种各数学所支持并组织多种形式的国际、国内学术研讨会，邀请国内外著名数学家前来讲学，开办数学前言讲座。由数学研究所负责组织的院、所“星期五学术报告会”常年坚持举行，向全院师生以及其他院校、研究院所开放，介绍最新学术动态，国际上许多知名学者教授，国内一些崭露头角的数学工作者都曾在报告会上作过精彩报告。数学学院的博士生每学期至少参加六次报告会，这对强化学术交流，加速人才培养起到了很好的作用。数学所每年还资助国内外学者短期或长期来所访问，进行学术交流合作。
数学研究所还负责数学博士后流动站的工作，每年招收博士后10名左右。研究所在为他们提供良好办公条件的同时，也为他们的科研工作创造了便利条件，帮助博士后们在站期间做出好的工作，出站后成为科研和教学岗位上的骨干。
北大数学研究所每年出版和发布近百篇科研预印本（Preprints），促进了与国内外同行的交流。
现任数学所所长为 丁伟岳 院士，副所长为 张平文 教授和 宗传明 教授。
张恭庆 (1988-2000)
丁伟岳(2000-现在)
北京大学数学所历任副所长
邓东皋 (1988-1992)
程乾生 (1988-1996)
郭懋正 (1992-1996)
张继平 (1997-1999)
谭小江 (1997-2001)
王长平(2001-2003)
王诗宬 (1999-2008)
蒋美跃(2003-2008)
张平文(2008-现在)
宗传明(2008-现在)
人员组成
所 长 ： 丁伟岳
副所长： 张平文、 宗传明
研究人员：
博士后(2008年进站):
夏静 、彭文娟、谢兵勇
博士后(2009年进站):
姜铁龙、李周欣、毛珩、宋 、孙中锋、史江涛、王家赠