南京为 复都制 体系下“位于南方的京城”的意思。东汉南京即今南阳，曹植在《汉二祖优劣论》中称南阳为南京。
唐朝 以 成都市 为南京不到三年时间。宋大中祥符七年（1014年），建 应天府 （今 商丘市 ）为南京。辽代，以北京为南京。 金朝 ，以开封为南京。明永乐十九年（1421年），明成祖迁都， 京师 应天府（今南京）改称为南京，作为留都。
唐代南京
唐代 天宝 十四年（755年）， 安史之乱 爆发后， 李隆基 仓皇逃到成都避难。
至德 二年（757年）十月， 李亨 李亨 驾回 唐长安城 ，改 蜀郡 为 成都府 ， 长史 为尹。十二月称 南京 ，为府。与当时的西京长安、东京洛阳，北京太原并称。所以在 唐朝 有“扬一益二”之称，谓天下繁华， 扬州 为第一， 益州 次之，益州即指 成都市 。
上元 元年（760年）九月，罢京。历时不到三年。
宋代南京
宋朝南京 应天府 （今河南商丘）， 五代十国 时称 宋州 ， 赵恒 景德三年（1006年）升为应天府， 大中祥符 七年（1014年）建为南京。下辖 宁陵县 、宋城、谷熟、下邑、 虞城县 、楚丘六县。 宋朝 的南京具有重要的政治地位，宋朝的南京地处大运河 通济渠 （汴河）咽喉要道，四通八达。宋朝州郡办学始于南京应天府（ 商丘市 ） ，南京拥有良好的经济基础和浓厚的兴学重教氛围， 应天府书院 升格为 南京国子监 ，成为宋朝最高学府之一。
辽代南京
辽代南京是古代少数民族契丹人建立的封建王朝政权，共有五个都城：上京 临潢府 （今 内蒙古自治区 巴林左旗 南）、中京大定府（今内蒙古宁城西大名府）、东京辽阳府（今 辽阳市 ）、西京大同府（今 大同市 ）和 辽南京 （今北京），合称“五京”，其中南京城规模最大。
按照《辽史·地理志》记载，南京城 周长 36里，城墙高3丈，宽1.5丈。城有8门：东为安东门、迎春门，南为丹凤门、开阳门，西为清晋门、显西门，北为通天门、拱辰门。其中有两条贯穿城市的大道：一条为东西向，联通了清晋门和安东门，它是广安门内、外大街的前身；另一条为南北向，联通了拱辰门和开阳门，大致相当于今天的闹市口大街南段、 长椿街 、牛街加上右安门内大街北段，也就是10路和626路公交车从“长椿街路口北”到“南樱桃园路口北”所走的路径。辽代时，南京城有30万人，包括了汉、 辽朝 、奚、 渤海国 、女真等民族。南京城内划分了26个“坊”，各坊有围墙、坊门，门上有坊名，以此管理城内居民。据《 契丹国志 》记载，南京城“大内壮丽，城北有市，陆海百货，聚于其中。僧居佛寺，冠于北方，锦绣组绮，精绝天下……水甘土厚，人多技艺”。
辽代南京城基本上是沿用唐幽州城，只是重修了城墙，并没有进行大规划的改造。
金代南京
金海陵王 完颜亮 迁都 开封 府，定开封为金代“南京”，以“南京” 开封府 作为他南下侵宋的基地。金正隆六年（宋绍兴三十一年，公元1161年）十月曷苏馆 猛安 完颜福寿 等人与南京留守司军队共同发动 政变 ，拥立 东京 留守、 曹国公 完颜雍 （ 乌禄 ）为帝，改元 大定 ，这就是 金世宗 ，金世宗称帝后下诏废黜完颜亮皇帝位；随后完颜亮准备占据 江南 ，与 金世宗完颜雍 对抗；金正隆六年十一月，他在瓜州渡口集结的 水军 叛乱，乱军将 完颜亮 杀死，当时他年仅40岁。金世宗完颜雍 迁都 燕京（今 北京 ）， 东京汴梁 仍为 南京 。
金贞 二年（公元1214年）三月， 蒙古国武装部队 进逼金中都北京。金宣帝遣使请和，并以 完颜永济 的女儿为 岐国公主 ，嫁给 成吉思汗 ，并献纳金帛及童男童女500人、马3000匹，成吉思汗才下令退兵解围；当年五月， 完颜珣 唯恐蒙古大军再来，加上财用不足，乃决定南迁南京开封府。金宣帝 完颜氏 殉 贞祐 二年（ 南宋 嘉定 八年，公元1215年）七月迁都至金南京开封府后，立即遣使告知南宋皇帝。南宋皇帝采纳臣下意见，废除进贡 金朝 皇帝岁币，双方由此引发战争，连年不断。
金代定都南京 东京汴梁 18年。
明代南京
明朝 永乐 十九年正月（1421年），明朝朝廷正式 迁都 北京，以顺天府北京为 京师 ，应天府则作为留都，沿袭四重城垣格局并实施徙民实京政策，由京师改称南京，将今天的安徽、 江苏省 、 上海市 二省一市的范围合称为“ 南直隶 ”。 清代 顺治 二年（1645年），满清攻克应天府后将明代南京（南直隶）改为 江南省 ，将应天府改称 江宁府 。