双孔亚纲是主干的 爬行纲 ，首次出现于 石炭纪 晚期。尽管最初并非主要的爬行动物，但随后成为爬行动物中占绝对优势的类群。鳞龙下纲是双孔亚纲中的原始类型，也是后来出现的各类新兴爬行动物的祖先。鳞龙下纲直到现代仍然繁盛，是现代最繁盛的爬行动物，包括现存爬行动物的绝大多数成员（如蜥蜴、蛇和 喙头蜥 ）。尽管一些物种失去了一个或两个颞[niè] 孔，或者 颅骨 发生了大幅特化（如现代鸟类），根据最近的共同祖先，它们仍然被归类为双孔亚纲。目前，全球至少有7,925种 双孔类 爬行纲 存活，如果计入鸟类，则接近18,000种。
鳞龙次亚纲
(Lepidosauria)
本次 亚纲 是原始的 双孔类 ，头骨有二个颞颥孔，它们被 眶后骨 和鳞骨形成的骨棒所分开。本次亚纲
复原图
有三个目，包括现存的蛇、蜥蜴和仅见于 新西兰 几个 小岛 上的罕见的 喙头蜥 ，以及一些 古生代 和中生代原始的已绝灭的小型 爬行纲 。
始鳄目
( Eosuchia )
始鳄目 是最原始的 双弓 爬行类，最初出现于晚石炭世。这是一类小型的，象蜥蝎似的能迅速飞跑的 爬行纲 。
在 南非 晚二叠世 地层 内发现的小而原始的似现在蜥蜴的杨氏蜥(Youngina)被认为是现存 有鳞目 和 喙头目 的祖先。
喙头目
( Rhynchocephalia )
喙头目的主要特点是：方骨固定，端性齿， 前上颌骨 发展成喙状， 颅骨 宽短，颊部扩大，无棒骨(tabular)或后 顶骨 ，上颞骨(supratempolar)往往消失，但方 颧骨 保存。脊椎双凹型，23-25个荐前椎，2个荐椎。化石较多，而现存者仅有 新西兰 附近几个 小岛 上的 喙头蜥 Gray(喙头晰或称 鳄蜥 )，视为孑遗的 活化石 。体长60cm余。牙齿和腭骨相愈合，不生在齿槽内，头骨前端有喙状的嘴。视见于 三叠纪 早期，三叠纪时分布很广，遍及全球。我国云南禄丰上三叠统的Lufengocephalus(禄丰喙头蜥)；辽宁凌源上三叠统的Rhynchosaurs( 喙头龙 )等均为本目化石的代表。
有鳞目
( Squamata )
有鳞目 是现生 爬行纲 中的常见者，如蜥蜴、蛇均属之。无次生腭，脊椎常为前凹型。蛇类失去四肢，脊椎骨和 肋骨 数目增加，使身体变长，方骨活动，使口张得很大。在有鳞目化石中，蜥蜴类比蛇类更为常见。我国的本类化石亦不少，如晚侏罗世的Yabeinosaurus(矢部龙)等。
初龙次亚纲
(Archosauria)
本次 亚纲 是进步的 双孔亚目 。中生代在地球上占统地位的 爬行纲 均 包含在本次亚纲内。称为爬行类时代或恐龙时代的中生代，在某种意义上就是指 根足亚纲 中多种多样的巨大成员而说的。本次亚纲包括五个目，现分别简介如下：
槽齿目
( 槽齿目 )
槽齿目 是该次亚纲中最原始的类群，它们在 古生代 末起源于鳞龙亚纲的始 鳄类 。初龙亚纲的其余四目以及鸟类均是从本目演化出来的。本目的主要特征是：吻细长，外鼻孔分开，有眼前孔，鼻骨长，后 顶骨 小，有时消失，方骨垂直，内鼻孔向后；下颌细长；25-26个荐前椎，椎体双凹到平凹型、腰带三射型；后肢较长，趾式完全。最先出现于早三叠世，即 南非 的Erythrosuchus( 非洲引鳄 )，北美上三叠统的 黄昏鳄 ( 黄昏鳄 )和 狂齿鳄属 ( 狂齿鳄属 )是本目的典型代表。我国 山西省 、新疆上三叠统中也发现许多此目的化石。在 三叠纪 以后本目动物绝灭了。
鳄目
( Crocodilia )
鳄目 在三叠纪晚期直接从 槽齿目 进化而来，它们是“恐龙”的姊妹类群。现存的 鳄类 是本目的进步类群，它们是一些大而凶猛的食肉 爬行纲 。本目在中生代时相当繁盛， 新生代 时逐渐衰落，已发现700多个化石种，几乎是世界性分布。现存仅20余种，分布范围也变小了。本目的特征是体长，腿短，尾在垂直方向扁平呈浆状； 颅骨 扁宽，具雕纹，吻长，上 颞颥孔 小，外鼻孔位于吻端； 顶骨 与额骨愈合；方骨大，向后倾斜；次生腭很发育；槽性齿；荐前椎23-24个，前凹型，尾椎为平凹型；荐椎2个；腰带三射型；前肢较后肢短。
现存的 扬子鳄 是进步的真鳄 亚目 的代表。 鳄类 的进化是从晚三叠世的Protosuchus(原鳄)，经过侏罗、 白垩纪 时的中鳄类，在白垩纪晚期演化出现存的真鳄亚目的类群。
翼龙目
( Pterosauria )
翼龙目 是一类征服空中会飞的 爬行纲 ，其特征是前肢第四 指骨 特别加长支撑由身体侧面延展的皮膜，变成翅膀，适于空中飞行， 胸骨 也相应地发达。最早出现于 侏罗纪 的 喙嘴翼龙属 Meyer( 喙嘴龙 )可作为代表，长约60cm；双颞孔，大 眼眶 ，具眼前孔； 颅骨 和颌骨的前部引长，带尖齿，可能 捕食 鱼类；颈较长，转动灵活，背部缩短；尾很长，约为荐前 脊柱 长度的2倍，尾末尚有一卵形的皮膜；前肢的 肱骨 粗壮，桡尺骨颇长，第四指极长，形成翼的主架，第五指消失，其他各指退化成小状；肩 骨与 鸟喙 骨强大，连接胸骨，作为附着鼓动翅膀的肌肉之用；后肢小。
准噶尔翼龙 Young( 准噶尔翼龙 ) 这是发现于新疆 乌尔禾区 下白垩统上部的完整 飞龙属 化石。体较大，两翼伸长可达3.5m。体长约0.9m。 颅骨 长，前端窄而尖锐。头骨上中棱发育。鼻孔与眼孔连通成大孔。上颚有14-15个牙齿， 下颚 有11-12个牙齿，但颌前部无牙。第四 腕骨 与第四 指骨 特长。
翼龙目 生存的时间很短， 白垩纪 末期绝灭，这可能由于当时出现了“现代化”鸟类，受到排挤，无法与温血而灵活的鸟类竞争之故。
恐龙类
恐龙总目 )
恐龙是出现于二亿四千五百万年前，并繁荣于六千五百万年前结束的中生代路栖 爬行纲 。恐龙在6500万年前白垩纪结束的时候突然全部消失，成为地球生物进化史上的一个谜，这个谜至今仍无人能解。 地球 过去的生物，均被记录在化石之中。中生代的 地层 中，即曾发现许多恐龙的化石。其中可以见到大量或呈现各式各样形状的骨骼。但是，在紧接着的 新生代 地层中，却完全看不到恐龙的化石，由此推知恐龙在中生代时一起灭绝了。恐龙种类多，体形和习性相差也大。其中个子大的，可以有几十头 大象 加起来那么大；小的，却跟一只鸡差不多。就食性来说，有温顺的草食者和凶暴的肉食者，还有荤素都吃的杂食性恐龙。
恐龙整体而言的体型很大。以恐龙作为标准来看， 蜥脚下目 是其中的巨无霸。在漫长的恐龙时代，即使是体型最小的 蜥脚类恐龙 也要比它们 栖息地 内的其他动物要大，而最大的蜥脚类则比任何出现在地表的动物都要大出几个等级。
大部分的恐龙要比大型蜥脚类恐龙还小得多。现有的证据表明，恐龙的平均大小在 三叠纪 、早 侏罗纪 、晚侏罗纪和 白垩纪 都不断变化。大部分 兽脚类恐龙 的体重在100到1000公斤之间，而全新世的掠食性肉食动物则多半在10到100公斤之间。恐龙的体重估计值，大多介于1到10公吨之间。伦敦国立 自然博物馆 的一个研究指出恐龙的体重平均值约在100公斤左右，而 新生代 的 哺乳类 体重平均值多在2到5公斤之间。
从现有的状况较好的 骨架 来看，最高和最重的恐龙是 长颈巨龙 （ Giraffatitan brancai，原名布氏 腕龙 ）。长颈巨龙的化石在1907年至1912年间发现于 坦桑尼亚 。从多具大小相近的个体所组合而成的 BOBBIN 模型，现正展示于柏林 洪堡 博物馆，该模型高12米，长22.5米，预期活体的重量在30到60公吨之间。最长的恐龙是27米长的 梁龙属 ，是在1907年发现于美国 怀俄明州 ，现展示于宾州匹兹堡的 卡内基自然历史博物馆 。
恐龙与其它 爬行纲 的最大区别在于它们的站立姿态和行进方式，恐龙具有全然直立的姿态，其四肢构建在其躯体的正下方位置。这样的架构比其他各类的爬行动物（如 鳄类 ，其四肢向外伸展）在走路和奔跑上更为有利。根据恐龙腰带的构造特征不同，可以划分为两大类： 蜥臀目 （ Saurischia ）、 鸟臀目 （ Ornithischia ）。二者间的区别主要在于其腰带结构。
蜥臀目
(Saurischia)
中生代占统治地位的 爬行纲 ， 白垩纪 末-第三纪初期绝灭。蜥臀目的腰带从侧面看是三射型， 耻骨 在肠骨下方向前延伸， 坐骨 则向后延伸，这样的结构与蜥蜴相似。
蜥脚形类 主要生活在 侏罗纪 和白垩纪，它们绝大多数都是大型的素食恐龙。头小，脖子长，尾巴长，牙齿成小匙状。 蜥脚形亚目 的著名代表有产于我国 四川省 、 甘肃省 晚侏罗纪由19节颈椎组成的脖子长度约等于体长的一半的 马门溪龙 ，世界上已知体形最大的动物—— 双腔龙属 。
兽脚类 生活在晚 三叠纪 至 白垩纪 。它们都是肉食龙，两足行走，趾端长有锐利的爪子，头部很发达，为最聪明的一类。嘴里长着 匕首 或小刀一样的利齿， 恐暴龙 是著名代表。其余如 异特龙 、 巨兽龙 、 棘龙属 等也颇具名气。
鸟臀目
Ornithischia)
中生代占统治地位的 爬行纲 ，白垩纪末-第三纪初期绝灭。鸟臀目的腰带，肠骨前后都大大扩张， 耻骨 前侧有一个大的前耻骨突，伸在肠骨的下方，后侧更是大大延伸与 坐骨 平行伸向肠骨前下方。因此，骨盆从侧面看是四射型（除此之外，还有其他区别）。