脊索动物门（拉丁学名：Chordata） ，是 动物界 最高等的一门，也是其发展得最成功的一类。其共同特征是在其个体发育全过程或某一时期具有 脊索 、背神经管和 鳃裂 （即脊索动物门的三大特征）。
经推测，脊索动物的祖先可能类似于尾索动物的幼体，它向两个方向发展，一是经过 变态 ，成体为固着生活。具鳃裂作为取食和呼吸器官；另一个方向是幼体期延长并适应新的生活环境，不再变态，产生 生殖腺 并进行繁殖（即幼体 性成熟 ），进而发展出新的一类动物，即具有脊索、背神经管和鳃裂的自由运动的脊索动物；之后分化为有颌类（鱼类祖先）和 无颌类 。
脊索动物包括尾索动物、 头索动物亚门 和 脊椎动物 。除以上主要特征外，脊索动物还具有一些次要特征：密闭式 循环系统 （尾索动物除外），心脏如存在，总位于消化管的腹面；肛后尾，即位于 肛门 后方的尾，存在于生活史的某一阶段或终生存在；具有 胚层 形成的 内骨骼 。至于后口、两侧对称、三胚层、真 体腔 和分节性等特征则是某些无脊椎动物也具有的。
截至2021年底，脊索动物门已知的物种约7万多种，现生的种类有4万多种，分3个 亚门 ： 尾索动物亚门 （Urochorda），如异体住囊虫（Oikopleura dioica）、 柄海鞘 （Styela clava）； 头索动物亚门 Cephalochordata，如 文昌鱼 （Branchiostoma belcheri）； 脊椎动物 （Vertebrata），为此门最重要和最多的类群，包括 圆口纲 （Cyclostomata）、软骨鱼纲（Chondrichthyes）、 硬骨鱼 （Osteichthyes）、 两栖动物 （Amphibia）、 爬行纲 （Reptilia）、 鸟纲 （Aves）和哺乳纲（Mammalia）。
特征
脊索
位于 消化道 和神经管之间的一条棒状结构，具有支持功能，所有脊索动物的胚胎期具有脊索，但在以后的生活中或终生保留（ 尾索动物亚门 、 头索动物亚门 ），或退化并被 脊柱 （vertebral column）代替。
脊索来源于胚胎期的 原肠 背壁，即脊索 中胚层 。经加厚、分化、外突，最后脱离原肠而成脊索。脊索由富含液泡的脊索 细胞 组成，外面围有脊索细胞所分泌而形成的 结缔组织 性质的脊索鞘（notochordal sheath）。 脊索 鞘常包括内外两层，分别为纤维组织鞘（fibrous sheath）和弹性组织鞘（elastic sheeth）。充满液泡的脊索细胞由于产生 膨压 ，使整条脊索既具弹性，又有硬度，从而起到骨骼的基本作用。
低等脊索动物中，脊索终生存在或仅见于幼体时期。高等脊索动物只在胚胎期间出现脊索，发育完全时即被分节的骨质 脊柱 （vertebral column）所取代。组成脊索或脊柱等 内骨骼 （endoskeleton）的 细胞 ，都能随同动物体发育而不断生长。而无脊椎动物则缺乏 脊索 或脊柱等内骨骼，通常仅身体表面被有 甲壳质 等外骨骼（exoskeleton）。
脊索的出现在动物演化史上具有重要意义。表现在：
①脊索（以及脊柱）构成支撑躯体的主梁，是体重的受力者，也是内脏器官得到有力的支持和保护。
②运动肌肉获得坚强的支点，在运动时不致由于肌肉的收缩而使躯体缩短或变形，因而向“大型化”发展。同时，脊索的中轴支撑作用也能使动物体更有效地完成定向运动，对于主动 捕食 及逃避敌害都更为准确、迅速。
③ 脊椎动物 颅骨 的形成、颌的出现以及椎管对中枢神经的保护，都是在此基础上进一步完善化的发展。
脊髓 （dorsal tubular nerve cord）
位于 脊索 背面中空管状的 中枢神经系统 。脊椎动物神经管前端膨大成脑，脑后部分形成脊髓。
由胚体背中部的外胚层内陷形成。背神经管在高等种类中前、后分化为脑和脊髓。神经管腔（neurocoele）在脑内形成脑室（cerebral ventricle），在脊髓中成为中央管（centralcanal）。无脊椎动物 神经系统 的中枢部分为一条实心的腹神经索（ventral nerve cord），位于 消化道 的腹面。
鳃裂
咽部两侧一系列左右成对排列的裂缝，直接或间接与外界相通。低等脊索动物及鱼类的鳃裂终生存在，其他 脊椎动物 仅在胚胎期有鳃裂。来源于外胚层和 内胚层
低等脊索动物在消化道前端的咽部两侧有一系列左右成对排列、数目不等的裂孔，直接开口于体表或以一个共同的开口间接地与外界相通，这些裂孔就是咽鳃裂。低等水栖脊索动物的鳃裂终生存在并附生着布满血管的鳃，作为呼吸器官，陆栖高等脊索动物仅在 胚胎 期或幼体期（如 两栖动物 的 蝌蚪 ）具有鳃裂，随同发育成长最终完全消失。无脊椎动物的鳃不位于咽部，用作呼吸的器官有 软体动物门 的栉鳃以及 节肢动物门 的肢鳃、 尾鳃 、 气管 等。
肛尾
尾在 肛门 后方。肛后尾在所有的脊索动物中出现，至少在胚胎期（如人类）出现。
以上的前3个特征是脊索动物的主要3大特征，此外的肛后尾及闭管式 循环系统 （ 尾索动物 除外）；心脏位于 消化道 腹面；胚胎期 原肠胚 的发育类型为原口；分节的肌节，附着在不分节的躯干上等特征为脊索动物的次要特征。
无 脊椎动物 的肛孔常开口在躯干部的末端。
循环系统
位于消化道的腹面，循环系统为闭管式。无脊椎动物的心脏及 主动脉 在消化道的背面，循环系统大多为开管式。
在上述特征中，具有 脊索 、背神经管和咽 鳃裂 是区别脊索动物和无脊椎动物最主要的3个基本特征。此外，脊索动物还有一些 性状 同样也见于高等无脊椎动物的，例如三 胚层 、后口、存在次级 体腔 、两侧对称的体制、身体和某些器官的分节现象等。这些共同点表明脊索动物是由无脊椎动物进化而来的。
尾索动物亚门
尾索动物亚门（Urochordata）。
尾索动物是原始的特化的海栖脊索动物。幼体具上述3大特征，但脊索在尾部。 变态 后脊索消失，背神经管退化成 神经节 ，鳃裂仍存在。成体具被囊（tunic），大多营固着生活。
尾索动物和头索动物两个 亚门 是脊索动物中最低级的类群，总称为 原索动物 （Protochorda-ta）。身体包在胶质（gelatinous）或近似植物 纤维素 成分的被囊中，至少在幼体时期尾部具有 脊索 及神经管，所以称为尾索动物或被囊动物（tunicate）。全世界约有1370多种，常见种类有 柄海鞘 （Styela clava）、海樽（Ascida）、 玻璃海鞘 （Ciona）、菊花海鞘（Botryllus）等，分布遍及世界各地的海洋。体呈袋形或桶状，包括单体或群体两个类型，绝大多数无尾种类只在幼体时期自由生活，成体于浅海 潮间带 营底栖固着生活，少数终生有尾种类在洋面上营漂浮式的自由游泳生活。体表有入水孔（incurrent siphon）和出水孔（excurrent siphon），咽壁有数量不等的 鳃裂 ，咽外围有宽大的围鳃腔（peribranchial cavity），与出水管孔相通。一般为 雌雄同体 （hermaphroditism），异体 受精卵 。也有无性繁殖。由于卵和精子并不同时成熟，所以避免了自体受精。营 有性生殖 ，也营无性的 出芽生殖 ， 樽海鞘纲 的生活史中甚至还有复杂的世代交替现象。除个别种类外，受精卵都先发育成善于游泳的蝌蚪状幼体，再行 变态 发育（一般为逆行变态）。
循环系统 是开管式，反向循环。
早在2千多年前，尾索动物就已经被记载和描述，曾先后隶属于无脊椎动物中的蠕虫类、拟 软体动物门 、 苔藓虫 或软体动物，直到1866年 俄罗斯 学者柯瓦列夫斯基仔细地研究了 海鞘 的胚胎发育及其变态后，才正式判定其正确的分类地位，置于脊索动物门。
柄海鞘是尾索动物亚门中最主要的类群，约占全部种数的90%以上。柄海鞘是海鞘类中的优势种，经常与盘管虫（Hydroides）、 藤壶 （Balanus）及苔藓虫（Bugula）等附着在一起，固着在码头、船坞、船体，以及海水养殖的海带筏和 扇贝 笼上，被作为沿海污损生物的重要指标种。柄海鞘的身体构造及 变态 过程在动物中具有一定的代表性，现以此为例简述其主要特征。
内部构造
⒈体壁：柄海鞘的体壁即是包藏内部器官的 外套膜 （mantle），外套膜除了表面一层外胚层的上皮 细胞 外，还参杂着来源于 中胚层 的肌肉纤维，以支配身体及出、入水孔的伸缩和开关。体壁能分泌一种化学成分类似植物 纤维素 的被囊素（tunicin），并由此形成包围在动物体外的被囊，这就是被囊动物名称的由来。在整个 动物界 中，体壁能分泌被囊素的动物，至今仅发现于尾索动物和少数 原生动物界 。外套膜在入水孔和出水孔的边缘处与被囊汇合，汇合处有 环形 括约肌 控制管孔的启闭。内部器官中只有咽的上缘及腹面的一部分与 外套膜 愈合。 柄海鞘 的被囊表面通常不易被其它动物所附着，但是同种个体却能重叠附生，这对 种群 的繁衍显然是有积极意义的。
⒉消化和 呼吸系统 ：入水孔的底部有口，通过四周长有 触手 的缘膜就是宽大的咽，咽几乎占据了身体的大半部（3/4），咽壁被许多细小的 鳃裂 所贯穿。从口进入咽内的水流经过鳃裂，到达围着咽外的围鳃腔中，然后经出水孔排出。围鳃腔是由身体表面陷入内部所形成的空腔，因其不断扩大，从而将身体前部原有的 体腔 逐渐挤小，最终在咽部完全消失。由于鳃裂的间隔里分布着丰富的毛细血管，因此当水流携带着食物微粒通过鳃裂时就能进行 气体交换 ，完成呼吸作用。咽腔的内壁生有纤毛，其背、腹侧的中央各有一沟状结构，分别称为背板（dorsal lamina或咽上沟epipharyngeal groove）和内柱（endostyle），沟内有腺细胞和纤毛细胞；背板和内柱上下相对，在咽的前端以围咽沟（peripharyngeal groove）相连，腺细胞能分泌粘液，使沉入内柱的食物粘聚成团，由沟内的纤毛摆动，将食物团从内柱推向前行，经围咽沟沿背板往后导入食道、胃及肠进行消化。肠开口于围鳃腔，不能消化的残渣通过围鳃腔，随水流经出水孔排出体外。
⒊循环方式和排泄器官：心脏位于身体腹面靠近胃部的围心腔（pericardial cavity）内，借围心膜的伸缩而搏动。心脏两端各发出一条血管，前端一条为鳃血管，沿咽腹发出分支到 鳃裂 间的咽壁上；后端一条称肠血管，分支到各内脏器官并注血进入器官组织的血窦之间，所以是开管式的 血液循环 。 柄海鞘 具有特殊的可逆式血液循环流向，即心脏收缩有 周期性 间歇，当它的前端连续搏动时，血液不断地由鳃血管压出至鳃部，接着心脏有短暂的停歇，容纳鳃部的血液流回心脏，然后于其后端开始搏动，将血液注入肠血管而分布到内脏器官的组织间。因此，柄海鞘的血管既无动脉和静脉之分，血液也无固定的单向流动方向，这种独特的血液循环方式在 动物界 中是绝无仅有的。
柄海鞘无专门的排泄器官，仅在肠附近有一堆具排泄机能的 细胞 ，称为肾小囊（renal vesicles），其中常含尿酸结晶。
⒋神经： 柄海鞘 的成体营固着生活， 神经系统 和感觉器官均甚退化，中枢神经只是一个没有内腔的 神经节 （nervus ganglion），圆而坚硬，状如小瘤，位于入水孔和出水孔之间的 外套膜 壁内，由此分出若干神经分支到身体各部，神经节旁有一无色透明而略为膨大的神经腺（neural gland，相当高等动物的脑下腺hypophy-sis）。无专门的感觉器官，仅于入水管孔、出水管孔的缘膜和外套膜上有少量散在的感觉 细胞 。
⒌ 生殖系统 ： 雌雄同体 ， 生殖腺 位于肠环间和外套膜内壁上。精巢大，呈分支状，为乳白色颗粒状小块； 卵巢 长管状，呈淡黄色，内含许多圆形的 卵细胞 ；两者紧贴重叠，分别以单根生殖导管（gonoduct）将成熟的性细胞输入围鳃腔，然后经出水管孔排至体外，或在围鳃腔内与另一 海鞘 的 配子 相遇 受精卵 。
分类
本 亚门 是脊索动物中最低等的类群，遍布世界各个海洋，约1370多种，分属于3纲，中国已知有14种左右。
尾海鞘纲
尾海鞘纲（Appendiculariae）本纲是尾索动物中的原始类型，共1目3科60余种。体长数毫米至20mm，代表动物为 住囊虫 （Oikopleura）和巨尾虫（Megalocercus huxleyi）等。尾海鞘纲与本亚门中其他2纲的主要区别是：体外无被囊，只有两个直接开口体外的 鳃裂 而缺乏国鳃腔，终生保持着带有长尾的幼体状态（neotonous），大多在沿岸浅海中营自由游泳生活。生长发育过程中无逆行 变态 ，故又名幼形纲（Larva-cea）。住囊虫包藏在由皮肤分泌的胶质住囊（gelatinous'house'）内，住囊有入水孔和出水孔，住囊虫在囊中借助内有 脊索 和神经索的尾巴摆动进水，并使囊中的水由出水孔排出，推动动物体前进，同时通过虫体口外特有的网筛（filter），从流水中滤取微 小的 浮游生物 作为食物。每隔数小时，住囊的出、入水孔就将被堵塞。此时 住囊虫 即激烈挥动长尾，从特殊的应急出口（或称小室孔道 escape hatch）破囊冲出至海中，并在很短的时间里再形成新的住囊。
中国至今尚未发现本纲动物。
海鞘纲
海鞘纲（Ascidiacea）。种类繁多，约有1250种，包括单体和群体2种类型，附着于水下物体或营水底固定生活。单体型种类的最大体长可达200余毫米，群体的全长可超过0.5米以上。群体型种类的许多个体都以柄相连，并被包围在一个共同的被囊内，但分别以各自的入水孔进水，有共同的排水口，如群体海鞘（Diplosoma）。
广布于中国的海鞘纲动物有米氏小叶鞘（Leptoclinum mitsukurii）、星座美洲海鞘（Amarou-cium constellatum）、长纹海鞘（Ascidia longistriata）、 玻璃海鞘 （Ciona intestinalis）、3种菊海鞘（Botryllus 亚种 ）、瘤 海鞘 （Styela canops）、 曼氏皮海鞘 （Molgula manhattensis）、龟甲海鞘（Chely-osoma）、西门登拟菊海鞘（Botrylloides simodensis）等。乳突皮海鞘和 柄海鞘 是 连云港市 以北黄、 渤海 沿岸污损生物中的优势种，瘤海鞘大量出现在 香港特别行政区 、西沙 永兴岛 和 琛航岛 等 南海 海域内。
樽海鞘纲（Thaliacea）。本纲动物大多是营自由游泳生活的漂浮型海鞘，体呈桶形或樽形，咽壁有2个或更多的 鳃裂 。成体无尾，入水孔和出水孔分别位于身体的前后端。被囊薄而透明，囊外有环状排列的肌肉带，肌肉带自前往后依次收缩时，流进入水孔的水流即可从体内通过出水孔排出，以此推动樽海鞘前进，并在此过程中完成摄食和呼吸作用。生活史较复杂，繁殖方式是有性与无性的世代交替。樽海鞘纲约有65种，代表动物有樽海鞘（Doliolum deuticula-tum），中国厦门沿海曾发现过小海樽（Dolioletta natilnalis）。 磷海鞘 （ 火体虫 atlanticum）为群体型种类，身体总长度可达200～600mm，因其口孔内缘有 磷光 器，漂浮游泳时能发出闪烁的磷光而得名，别名火体虫。
头索动物亚门
头索动物亚门（Cephalochordata）
没真正的脑分化，故称无头类。
上述脊索动物的3大特征终生存在。 脊索 纵贯全身，并向前延伸至背神经管前端。
头索动物是一类终生具有发达脊索、背神经管和咽 鳃裂 等特征的无头鱼形脊索动物。包括头索纲（Cephalochorda，又名狭心纲Leptocardii）、鳃口科（Branchiostomidae），约30种，分隶于 文昌鱼 和偏文昌鱼（Asymmetron）2个属。 头索动物亚门 分布很广。遍及 热带 和 温带 的浅海海域，其中尤以北纬48°至南纬40°之间的沿海地区数量较多。
外形和生活方式
文昌鱼喜栖浅海水质清澈的沙滩上，平时很少活动，常把身体半埋于沙中，前端露出沙外，或者左侧贴卧沙面，借水流携带 硅藻 等 浮游生物 进入口内。夜间较为活跃，凭借体侧肌节的 交错 收缩，在海水中作短暂的游泳。寿命约2年8个月左右。6～7月为生殖季节，一生中可繁殖3次，其中以最后一次 产卵 最多。 福建省 沿海海区曾是中国 文昌鱼 生息繁衍的理想场所。1932～1956年，文昌鱼在 同安区 一地的捕捞区面积约有22k㎡，每升沙样中文昌鱼的数量达357条，当时因年产量约57吨而高居世界首位。1956年，由于厦门高（崎）集（美）海堤建成后，海况（切断了 环岛 的海流、沙地面积大幅度减少、盐度降低、水流减缓、淤泥沉积等）发生很大变化，再加上围海造田和乱捕滥捞等原因，严重地破坏了文昌鱼的 生态环境 ，因而造成数量急剧下降的恶果，年产量减少了40%。1970年，当地的收购量甚至降低到只有1t左右。1986年， 文昌鱼 在这一海域的分布区已缩小到0.5k㎡，而每L沙样中的数量进一步减少到3条，使原来名闻遐迩的文昌鱼产地，在20世纪半个世纪内变得完全失去了水产捕捞价值。
内部构造
⒈皮肤：皮肤薄而半透明，由单层柱形细胞的表皮和冻胶状 结缔组织 的真皮两部分构成，表皮外覆有一层角皮层（cuticle）。表皮外在幼体期生有纤毛，成长后则消失殆尽。
⒉骨骼：文昌鱼尚未形成骨质的骨骼，主要是以纵贯全身的 脊索 作为支持动物体的中轴支架。脊索外围有脊索鞘膜，并与背神经管的外膜、肌节之间的肌隔、皮下结缔组织等连续。脊索细胞呈扁盘状，其超显微结构与双壳类软体动物的肌细胞比较相似，收缩时可增加脊索的硬度。此外，在口笠触须、缘膜触手、轮器内部也都有角质物支持，奇鳍和鳃裂的鳍条（fin rays）及鳃条（gill bar）由 结缔组织 支持。
⒊肌肉： 文昌鱼 背部的肌肉厚实而腹部比较单薄，与无脊椎动物周身体壁厚薄均匀的情况不同。全身主要的肌肉是60多对按节排列于体侧的较原始的"V"字形肌节（myomere），尖端朝前，肌节间被结缔组织的肌隔（myocomma）所分开。两侧的肌节互不对称，便于文昌鱼在水平方向作弯曲运动。此外，还有分布在围鳃腔腹面的横肌和口缘膜上的 括约肌 等，控制围鳃腔的排水及口孔的大小。
⒋消化和呼吸器官：文昌鱼靠轮器和咽部纤毛的摆动，使带有食物微粒的水流经口入咽，食物被滤下留在咽内，而水则通过咽壁的 鳃裂 至围鳃腔，然后由腹孔排出体外。作为收集食物和呼吸场所的咽部极度扩大，几乎占据身体全长的1/2，咽腔内的构造与尾索动物相似，也具有内柱、咽上沟和围咽沟等。 文昌鱼 幼体的鳃裂直接开口于体表，后来形成围鳃腔，以腹孔作为咽部鳃裂的总出水口。该摄食方式为被动滤食摄食。
咽内的食物微粒被内柱 细胞 的分泌物粘结成团，再由纤毛运动使它从后向前流动，经围咽沟转到咽上沟，往后推送进入肠内。肠为一直管，向前伸出一个盲囊，突入咽的右侧，称为肝盲囊（hepatic diverticulum），能分泌消化液，与 脊椎动物 的肝脏为 同源 器官。食物团中的小微粒可进入肝盲囊。被肝盲囊细胞所吞噬，营细胞内消化，大微粒在肠内分解成小微粒后，也转到肝盲囊中进行细胞内消化，未消化的物质由肝盲囊重返肠中，在后肠部进行消化和吸收。肠的末端开口于身体左侧的 肛门 。咽腔是 文昌鱼 完成呼吸作用的部位。
咽壁两侧有60多对 鳃裂 ，彼此以鳃条分开，鳃裂内壁布有纤毛上皮 细胞 和血管。水流进入口和咽时，借纤毛上皮细胞的纤毛运动，通过鳃裂，并使之与血管内的血液进行 气体交换 ，最后，水再由围鳃腔经腹孔排出体外。有人认为文昌鱼纤薄的皮肤也具有直接从水中摄取 氧气 的能力。
5. 血液循环 文昌鱼循环系统属于闭管式，即血液完全在血管内流动，这种情形与 脊椎动物 基本相同。无心脏，但是具搏动能力的腹 主动脉 （ventral aorta），因而被称为狭心动物。由腹大动脉往两侧分出许多成对的鳃动脉（branchial arteries）进入鳃隔，鳃动脉不再分为 毛细血管 ，它在完成气体交换的呼吸作用后，于 鳃裂 背部汇入2条背大动脉根。背大动脉根内含多氧血，往前流向身体前端，向后则由左、右背大动脉根合成背大动脉（dorsal aorta），再由此分出血管到身体各部。血液无色，也没有血细胞和呼吸色素，动脉中的血液通过组织间隙进入静脉。从身体前端返回的血液通过体壁静脉（parietal vein）注入一对前主静脉（anterior cardinal vein）；尾的腹面有一条尾静脉（caudal vein），收集一部分身体后部回来的血液，进入肠下静脉（subintestinal vein），大部分血液则流进2条后主静脉（posterior cardinal vein）。左、右前主静脉和两条后主静脉的血液全部汇流至一对横形的总主静脉（common cardinal vein），或称居维叶氏管（ducts Cuvieri）。左、右总主静脉会合处为静脉窦（sinus venosus），然后通入腹 主动脉 。从肠壁返回的血液由 毛细血管 网集合成肠下静脉，尾静脉的部分血液也注入其中；肠下静脉前行至肝盲囊处血管又形成毛细管网，由于这条静脉的两端在肝盲囊区都形成毛细血管，因此称作肝门静脉（hepatic portal vein）。由肝门静脉的毛细血管再一次合成肝静脉（hepatic vein）并将血液汇入静脉窦内。
分类
脊椎动物亚门
（Vertebrates）
基本特征
生活史某个时期具有 脊索 动物的三大特征（其中咽 鳃裂 陆生 脊椎动物 出生后没有）
神经系统 发达，脑与 脊髓 分化，感觉器官发达，适应环境的能力更强
具有心脏，加速 血液循环
具有较完善的排泄器官（陆生动物比水生动物发达），更有效排除代谢废物
具有成对 附肢 （ 圆口纲 除外）扩大生活范围，提高摄食、求偶、避敌的能力
脊椎动物亚门 ，脊索或多或少被脊柱所代替，脑和感觉器官集中于前端，形成明显头部，称为 有头类 （ Craniata ）。
脊椎动物分类
⑴圆口纲（ Cyclostomata ）：无颌，又称 无颌类 （Agnatha）；无成对附肢。 脊索 终生存在，并出现雏形脊椎骨。
⑵鱼纲（Pisces）：又分为 软骨鱼亚纲 （ Chondrichthyes ） 硬骨鱼亚纲 （ Osteichthyes ）和 辐鳍鱼亚纲 (Actinopterygii）前者出现上下颌，体被 盾鳞 ，出现成对的鳍， 鳃裂 直接开口于体外；后者骨骼一般为硬骨，体被硬鳞、 圆鳞 或 栉鳞 ，鳃裂不直接开口于体表。
⑶ 两栖纲 （Amphibia）：由水上陆的过渡种类，幼体鱼形，以鳃呼吸，成体出现5指（趾）型四肢，皮肤裸露，以肺和 皮肤呼吸 。与其他更高等 脊椎动物 共称为 四足类 （Tetrapoda）。
⑷ 爬行纲 （Reptilia）：完全陆生。皮肤干燥，被以 角质 鳞、角质骨片或骨板。肺呼吸。胚胎发育中出现羊膜，与鸟类、 哺乳类 共称为 羊膜类 （Amniotes）。其他各纲脊椎动物称为 无羊膜动物 （Anomniotes）。
⑸ 鸟纲 （Aves）：全身被羽，前肢变为翼，适应空中飞翔生活。 血液循环 为完全双循环，恒温， 卵生 。与哺乳类共称为恒温动物（Endotherm）。其他脊椎动物均为 变温动物 （Ectotherm）。
⑹哺乳纲（ Mammalia ）：体外被毛，恒温， 胎生 （单孔类除外），哺乳（具 乳腺 ）。
生长发育
尾索动物亚门
柄海鞘成体的形态结构与典型的脊索动物有很大差异。然而，它的幼体外形酷似蝌蚪并具有脊索动物3个主要特征。幼体长约0.5mm，尾内有发达的脊索，脊索背方有中空的背神经管，神经管的前端甚至还膨大成脑泡（cerebral vesicle），内含眼点和平衡器官等；消化道前段分化成咽，有少量成对的鳃裂；身体腹侧有心脏。
体经过几小时的自由生活后，就用身体前端的附着突起（adhesivepapillae）粘着在其它物体上，开始其 变态 。在变态过程中， 海鞘 幼体的尾连同内部的 脊索 和尾肌逐渐萎缩，并被吸收而消失，神经管及感觉器官也退化而残存为一个 神经节 。与此相反，咽部却大为扩张， 鳃裂 数急剧增多，同时形成围绕咽部的围鳃腔；附着突起也为海鞘的柄所替代。附着突起背面因生长迅速，把口孔的位置推移到另一端（背部），于是造成内部器官的位置也随之转动了90°～180°的角度。最后，由体壁分泌被囊素构成保护身体的被囊，使它从自由生活的幼体变为营固着生活的 柄海鞘 。柄海鞘经过变态。失去了一些重要的构造，形体变得更为简单，这种变态称为逆行变态（retrogressive metamorphosis）。
头索动物亚门
其典型代表种Branchostoma( 文昌鱼 ）；体呈鱼形，长40毫米左右，侧扁，头尾尖削，无头与躯干部之分，故名。体半透明，呈透明，呈微红色，生活于浅海疏松的沙滩里，常钻孔。以矽藻等为食。
沿背侧有一纵行皮肤褶皱，称为背鳍；再后延至尾部高起，成为 尾鳍 ，作矛形。自尾鳍腹面向前至体后约1/3处的皮肤褶襞，称为腹褶（metapleure）。左右两腹褶向后的汇合处是为腹孔，或围鳃腔孔（abdominal pore），腹鳍与尾鳍之间的小孔，为 肛门 。头部前端突出部位为吻。其后的腹面有一环形薄膜，成为口笠。其边缘生有36-50条 触须 。口笠的内腔称为前庭。
神经管的形成： 原肠胚 背中线的外胚层 细胞 向内凹陷，形成神经板，其两同时翘起形成一对纵褶，叫神经褶。神经褶又相向生长，在神经板背侧愈合；神经板两侧亦向上包围生长；彼此接合。于是在背面出现一条中空的管道，即神经管。
脊索 与 中胚层 的发生：在神经管形成的同时，原肠腔的背面、神经板下方的 内胚层 细胞向背方突出，逐渐脱离内胚层形成一条纵贯的脊索；在脊索形成的同时，脊索突起的两侧也发生若干成对的分节状突起，最后脱离内胚层，自成一腔囊，叫 体腔 囊，也以是中胚层。将来发育成为体腔。内胚层除了分离成脊索和中胚层外，其他部分则形成肠管的内壁。
因具有纵贯体躯一直达到前端的脊索而得名；头无明显分化，与体躯不能截然分开，故又名无头类，通称 文昌鱼 、矛形鱼。 头索动物亚门 终生具有纵贯背部，起支撑作用的 脊索 ；有背神经管和咽 鳃裂 。这些在高等脊索动物中只存在于 胚胎 或幼虫期，成体消失或分化为更高级的器官。
文昌鱼为 雌雄异体 。 生殖腺 附生于围鳃腔两侧的内壁上，是26对左右厚壁的矩形小囊， 性成熟 时可根据文昌鱼的精巢为白色或卵巢呈现淡黄色进行雌雄鉴别。成熟的精子和卵都是通过生殖腺壁的破口释出，坠入围鳃腔，再随同水流由腹孔排出，在海水中完成 受精卵 作用。文昌鱼在6～7月 产卵 ，通常产卵和受精都在傍晚进行。卵小而含卵黄少，为均黄卵（isolecithal egg），卵径0.1mm～0.2mm。
文昌鱼 的发育需经历受精卵—桑椹胚— 囊胚 — 原肠胚 —神经胚各个时期，才孵化成幼体。受精卵进行几乎均等的全分裂（holoblastic）。经过多次 细胞分裂 后，使许多细胞结成一个形似实心圆球的桑椹胚（morula）。桑椹胚在继续细胞分裂的同时，中心的细胞逐渐向胚体表面迁移，从而变成一个内部充满胶状液的空心囊胚（blastopore），囊胚中的腔为囊胚腔（blastocoel），囊胚上端的细胞略小，称动物极（ 动物界 pole），细胞较大的下端是植物极（vegetative pole）。接着， 囊胚 的植物极大 细胞 向内陷入以至与上端动物极细胞的内壁互相紧贴，囊胚腔因受挤压而消失，被新出现的原肠腔（ 原肠 ）所代替。原肠腔以植物极细胞内陷处的胚孔（或称原口blas-topore）与外界相通，这里相当于胚体的后端，相对的另一端为前端。此时 胚胎 已形成内、外两层细胞，分别称为 内胚层 （endoderm）和外胚层（ectoderm），胚体表面长有纤毛并能在胚膜中进行回旋运动。胚胎发育到这个阶段称为 原肠胚 （gastrula）。原肠胚的后期开始胚体延长、产生中枢神经、 胚层 进一步分化及各器官系统的形成。原肠胚自前端沿背中线至胚孔的外胚层下陷成神经板（neural plate）；与此相邻的两侧外胚层同神经板脱离，互相靠拢而完全愈合，是将来的表皮部。下陷到表皮内的神经板首先在板的两侧往上隆起成神经褶（neural 褶曲 ），然后卷合围成背面留有一条纵裂的神经管（neural tube），管内为神经管腔（neurocoel）。其前端以神经孔（neuropore）和外界相通，后端经胚孔与 原肠 相通成神经肠管（neurenteric canal）。成体时，神经孔关闭成嗅窝，而神经肠管也闭塞不通并在胚孔部形成 肛门 ，此时的 胚胎 称为 原肠胚 （neurula）。在背神经管形成的同时， 脊索 和 中胚层 也在形成。原肠背面正中出现一条纵行的隆起实体，即脊索中胚层，它与原肠分离后发育成脊索。脊索两侧各有一列按节排列和彼此连接的 体腔 囊（coelomic sac），这就是新发生的中胚层，体腔囊中的每个空腔即体腔（coelom）。
文昌鱼 身体前部的中胚层是以体腔囊的方式所形成，与棘皮动物及 半索动物门 相同，身体后部中胚层的发生方式又与 脊椎动物 一致，由此可见文昌鱼在两大类动物中处于过渡性质的居中地位，对 动物界 的一些基本理论研究方面，可以提供许多有价值的材料。随着每个体腔囊的发育，又分化成背、腹两部分。背部称 体节 （somite），腹部称侧板（lateralplate），体节内的 体腔 以后自行消失，则侧板内的体腔最初因体腔囊分节彼此独立存在，后来由于体腔囊壁前后沟通，才在体内形成一个完整的体腔。这种体腔叫作次级体腔，是真正由 中胚层 所构成的体腔。体节的内侧部分，又分化为生骨节（sclerotome），将来形成 脊索 鞘、背神经管外的 结缔组织 和肌隔等；体节的中部形成肌节；体节的外侧部分以后形成皮肤的真皮。侧板的外层为体壁中胚层（somatic mesoderm），将来发育成紧贴着体腔壁的 腹膜 或体腔膜（peritoneum）；内层称脏壁中胚层（splanchnic mesoderm），以后形成肠管外围的组织。脏壁中胚层在肠管前段的背侧发生出分节排列的指状突起，即未来的肾管。体壁与侧板交界处的 体腔 壁上也发生突起，以后自此发育出 文昌鱼 的 生殖腺 。 受精卵 经过20多个小时后，文昌鱼的胚胎发育基本结束，全身披有纤毛的幼体就能突破卵膜，到海水中活动，此时有白天游至海底夜间升上海面进行垂直洄游的生活规律。幼体期约3个月，然后沉落海底进行 变态 。幼体在生长发育和变态的过程中，身体日益长大，出现前庭， 鳃裂 的数目因发生次生鳃条而增加了一倍，并由原来直接开口体外而变为通入新形成的围鳃腔中。一龄的文昌鱼体长约40mm，性腺发育成熟，可参与当年的繁殖。
脊椎动物亚门
脊椎动物区别于其他脊索动物的特征有：出现明显的头部， 中枢神经系统 成管状，前端扩大为脑，其后方分化出 脊髓 。
大多数种类的 脊索 只见于发育早期（ 圆口纲 、软骨鱼纲和 硬骨鱼 例外），以后即为由单个的脊椎骨连接而成的 脊柱 所代替。原生水生动物用鳃呼吸，次生水生动物和陆栖动物只在胚胎期出现 鳃裂 ，成体则用肺呼吸。除圆口纲外，都具备上、下颌。 循环系统 较完善，出现能收缩的心脏，促进 血液循环 ，有利于提高生理机能。用构造复杂的肾脏代替简单的肾管，提高排泄机能，由 新陈代谢 产生的大量废物能更有效地排出体外。除圆口纲外，水生动物具偶鳍，陆生动物具成对的 附肢 。
生活习性
尾索动物 亚门
柄海鞘 的成体呈长椭圆形，幼体型似 蝌蚪 。基部以柄附生在海底或被海水淹没的物体上，另一端有2个相距不远的孔：顶端的一个是入水孔，孔内通消化管而中间有一片筛状的缘膜，其作用是滤去粗大的物体，只容许水流和微小食物进入 消化道 ；位置略低的一个是出水孔。从胚胎发生和幼体 变态 的过程来看，两孔之间是 柄海鞘 的背部，对应的一侧为腹部。一般情况下，水流从入水孔进入而由出水孔排出，当受惊扰或刺激时，则可引起体壁骤然收缩，体内积贮的水分别从2个孔中似乳汁般同时喷射而出，故在 山东省 沿海一带俗称 海奶子 ；刺激缓解后，身体又逐渐恢复原状。它们除了可以成簇密集生活外，还能附着在同种的其它个体上，同时本身又可以被别的个体所附着，呈现垒叠的聚生现象。
头索动物 亚门
头索动物的 脊索 不但终生保留，且延伸至背神经管的前方，故称头索动物。又因本亚门动物都缺乏真正的头和脑，所以又称无头类。中国厦门、 青岛 等地所产的 文昌鱼 （Branchiostomabelcheri），可作为头索动物的代表。
白氏鳃口文昌鱼（Branchiostoma belcheri）
文昌鱼的体形略似小鱼，无明显的头部，左右侧扁，半透明，可隐约见到皮下的肌节
（myomere）和腹侧块状的 生殖腺 ；身体两端尖出，故有双尖鱼（Amphioxus）之称，又因其尾形很像矛头而名海矛。一般体长约50mm，但产于 美国 的加州文昌鱼（Branchiostomacaliforniense）可超过100mm，是该属中已知个体最大的一种。前端的腹面为一漏斗状的口笠（oral hood），口笠内为前庭（vestibule），内壁有轮器（wheel organ），由前庭引向位于一 环形 缘膜（velum）中央的口。口笠和缘膜的周围分别环生 触须 （cirri）及缘膜 触手 （velar tentacle），具有保护和过滤作用，可阻挡 粗砂 等物随水流进入口中。整个背面沿中线有一条低矮的背鳍（dorsalfin），往后与高而绕尾的 尾鳍 （caudal fin）相连。此外在 肛门 之前还有肛前鳍（preanal fin ）。无偶鳍，只在身体前部的腹面两侧各有一条由皮肤下垂形成的纵褶，称为腹褶（metapleura fold ）。腹褶和肛前鳍的交界处有一腹孔（atripore），是咽 鳃裂 排水的总出口，故又名围鳃腔孔。
脊椎动物 亚门
脊椎动物 数量多，结构复杂，进化地位高，形态结构彼此悬殊，生活方式千差万别，不便一一介绍，详见 脊椎动物亚门 。
物种分类
Amphibia
Aves
兽纲
Mammalia
硬骨鱼纲
Reptilia
软骨 鱼纲
Chondrichthyes
内骨骼 完全由 软骨 组成，常钙化，但无真骨组织；外骨骼不很发达或退化。体常被 盾鳞 。齿多样化。硬棘有时具有，但无膜骨存在。 脑颅 无缝。上颌由腭方软骨组成，下颌由米克耳氏软骨组成。鳃孔每侧5-7个，分别开口于体外；或具一膜状鳃盖，其后具一鳃孔。 雄性 的腹鳍里侧特化为 鳍脚 。肠短，具 螺旋瓣 ；无缥。无大型 耳石 。泄殖腔或有或无。卵大， 体内受精 ， 卵生 、 卵胎生 或胎生。
本纲有2 亚纲 13目45科170属，约846种；我国有2亚纲13目10 亚目 44科90属217种，约占总数的1/4。
Cyclostomata
圆口纲 体呈鳗形；无上下颌；具 角质 齿；鼻孔1个，位于吻端或头背面中央，与口咽腔相通或不相通。鳃呈囊状，5-15对，外鳃孔1-16对。骨骼由软骨组成，无椎体，有些具退化的髓弓；无肩带和腰带，无偶鳍和 肋骨 。肠具纵嵴或 螺旋瓣 。内耳具1-2个半规管。无交感神经系统。无脾脏。心脏无动脉圆锥。无泄殖腔，生殖孔与 肛门 分开。 卵生 。
化石在晚 寒武纪 出现，已知最早的 脊椎动物 是属于 无颌类 的无领脊椎动物。在 志留纪 和早 泥盆纪 ， 无颌类 有最大的辐射演化。
现生种有2目2科12属约84种；我国产2目2科3属12种。
演化意义
脊索 的出现是动物演化史中的重大事件，使动物体的支持、保护和运动的功能获得“质”的飞跃。这一先驱结构在 脊椎动物 达到更为完善的发展，从而成为在 动物界 中占统治地位的一个类群。
脊索（以及 脊柱 ）构成支撑躯体的主梁，是体重的受力者，使内脏器官得到有力的支持和保护，运动肌肉获得坚强的支点，在运动时不致由于肌肉的收缩而使躯体缩短或变形，因而有可能向“大型化”发展。脊索的中轴支撑作用也使动物体更有效地完成定向运动，对于主动 捕食 及逃避敌害都更为准确、迅捷。 脊椎动物 颅骨 的形成、颌的出现以及椎管对中枢神经的保护，都是在此基础上进一步完善化的发展。
头索动物身体结构比较简单，但脊索动物的典型结构已经具有，三大结构终生存在。根据形态学推测， 脊索 动物由一种左右不对称，无围腮腔、腮裂少、营自由生活的原始无头类演化而来，且在进化当中分为两支，一支适应自由生活，演变为原始 有头类 ，进而走向 脊椎动物 ；另一支向底栖生活发展，演变为尾索动物和头索动物。
尾索动物
尾索动物是最低等的脊索动物，与高等脊索动物存在着演化上的亲缘关系，两者可能都是从类似 海鞘 幼虫 型营自由生活的共同祖先--原始无头类动物演化而来。这类原始无头类动物不但将幼体时期的尾和自由游泳的生活方式保留到成体，甚至还消失了生活史中营固着生活的阶段，并通过幼态滞留及幼体 性成熟 途径发展为 头索动物亚门 和 脊椎动物 。尾索动物是在进化过程中适应特殊生活方式的一个退化分支，除保留滤食的咽及营呼吸作用的咽 鳃裂 外，大多数种类已在 变态 中失去所有的进步特征，并向固着生活的方向发展。
脊椎动物亚门 （Vertebrata）是 动物界 中数量最多，结构最复杂，进化地位最高的类群。形态结构彼此悬殊，生活方式千差万别。
脊椎动物的 脊索 只在胚胎发育阶段出现，随后或多或少地被 脊柱 所代替脑和各种感觉器官在前段集中，形成明显的头部，故称 有头类 。
生物区别
与无脊椎动物
①脊索：脊索动物具有纵贯背部的脊索，后被脊柱所代替；无脊椎动物无脊索或脊柱。
②中枢神经：脊索动物中空的神经中枢位于背部；无脊椎动物原生与 海绵动物 无 神经系统 ， 刺胞动物门 为网状神经系统， 扁虫 与 线虫 为梯状神经系统，环节与 节肢动物门 中枢神经呈索状位于身体腹面。
③ 鳃裂 ：脊索动物生活史的全部或部分时期具有鳃裂；无脊椎动物不具鳃裂。
④心脏位置：脊索动物心脏位于 消化道 腹面；无脊椎动物心脏位于消化道背面或无心脏。
⑤ 生物化学 方面：脊索动物参与 肌肉收缩 能量代谢的非 蛋白质 含氮浸出物 是 磷酸肌酸 ；无脊椎动物的是磷酸 精氨酸 。
脊索动物除上述特征外，其一些结构也见于一些无脊椎动物中，如后口、三 胚层 、两侧对称、真 体腔 、分节现象、闭管式 血液循环 等。两者的结构比较见无脊椎动物。