起初，会通河的范围较小，仅指 临清市 ——须城（ 东平县 ）间的一段运道。后来，范围扩大， 明朝 将临清会通镇以南到徐州茶城（或夏镇）以北的一段运河，都称会通河。会通河是南北 大运河 的关键河段。明洪武二十四年（公元1391年）， 黄河 在原武（河南原阳西北）决口， 洪水挟泥沙滚滚北上，会通河1/3的河段被毁。大运河中断，从运河漕粮北上被阻。
京杭大运河
元朝 初年的 漕运 基本上是利用 隋炀帝 时所开凿的那条南北大运河。
它由 杭州市 至 镇江市 ，过江北上入淮，西逆黄河到中 (今河南封丘)，然后陆运至淇门(今河南淇县)，入 卫河 (今 卫河 )，经直沽(今天津)转入 北运河 ，达 通州区 (今北京 通州区 )，再陆运至大都。
这条路线，不仅河道迂回曲折，而且水陆并用，很不方便。
1289年(至元二十六年)， 孛儿只斤·忽必烈 下令开凿会通河即山东运河，起自东平路 须城县 (今山东东平)安山西南，至 临清市 抵达 南运河 ，全长二百五十多里，建闸门31道，计役人工二百五十多万工。
1291年(至元二十八年)，元世祖又从 郭守敬 建议，役使一万九千多名兵士、五百四十多名工匠、三百多名水手、一百七十多名“没官囚奴”，共用二百八十多万工，开凿了从大都到 通州区 的 通惠河 ，全长一百六十多里。
这样，南北 大运河 全线开通，连接 海河 、 黄河 、 淮河 、 长江 和 钱塘江 五大 水系 ，加强了 京师 与最富庶的 江南 地区的联系。
重开会通河
永乐 元年（公元1403年），定 北平市 为 北京 ，准备将 首都 北迁。 朱棣 鉴于海运安全没有保证，为解决 迁都 后的北京用粮问题，决定重开会通河。
永乐九年（公元1411年），他命工部尚书 宋礼 负责施工，征发 山东省 、 徐州市 、应天（ 南京 ）、 镇江市 等地30万民夫服役。主要工程为改进分水枢纽、 疏浚 运道、整顿坝闸、增建水柜等。其中有些工程在当年即告完。
改进分水枢纽。 元朝 的 济州河 ，以汶、 泗 为水源，先将两水引到 任城区 ，然后进行南北分流。由于任城不是济州河的最高点，真正的最高点在其北面的南旺，因此，任城分水，南流偏多， 北流 偏少。结果，济州河的北段，河道浅涩，只通小舟，不通大船。
分水枢纽选址失当，是元朝南北 大运河 没有发挥更大作用的主要原因。 宋礼 这次治运河，对它作了初步改进。
他除维持原来的分水工程外，又采纳熟悉当地地形的 汶上县 老人 白英 的建议，在戴村附近的 大汶河 河床上，筑了一条新坝，将汶水余水拦引到 南旺镇 ，注入 济州河 。济州河北段随着水量的增多，通航能力也就大幅度地提高了。
彻底改进
几十年后，人们对这一分水工程又作了比较彻底的改进，即完全放弃 元朝 的分水设施，将较为丰富的汶水，全部引到南旺分流，并在这里的河床上建南北两坝闸，以便更有效地控制水量。大体上说为三七开，南流三分，南会 泗河 ， 北流 七分，注入御河。人们戏称：“七分朝天子，三分下 江南 。”
疏浚河道
可分两个部分。一是将被 黄河 洪水冲毁的一段运道，改地重新开凿出来。旧道由 安山湖 西面北注 卫河 ，新道改从安山湖东面北注卫河。
改道到湖东，黄河泛滥时，有湖泊容纳洪水，可以提高这段水道的安全程度。又因为这里的地势西高东低，运道建于湖东，便于引湖水补充运河水量。
二是展宽浚深会通河的其他河道。一般说，要将它挖深到13尺，拓宽到32尺。
这样，即便是载重量稍大的粮船，也可顺利通过。
整顿坝闸
南旺湖北至 临清市 300里，地降90尺。南至镇口（ 徐州市 对岸）290里，地降116尺①。会通河南北的比降都很大。
为了克服河道比降过大给 航运 造成的困难， 元朝 曾在河道上建成31座坝闸。这次 明朝 除修复 元朝 的旧坝闸外，又建成七座新坝闸，使坝闸的配置更为完善，进一步改进了通航条件。由于会通河上坝闸林立，因此，明人又称这段 运粮河 为“闸漕”。
除上述工程外，为了更好地调剂会通河的水量，宋礼等人“又于 汶上县 、 东平县 、 济宁市 、 沛县 并湖地”，设置了新的水柜。
经过明朝初年的大力治理，会通河的通航能力大大提高，漕船载粮的限额，每船由元朝的150料②，提高到明朝的400料；年平均运粮至京的数量，由以前的几十万石，猛增到几百万石。
明初成功地重开会通河，加强了 朱棣 迁都 北京 的决心，并宣布停止取道海上运输南粮。
内河航运 的开通，促使运河城镇进一步繁荣。每当 漕运 季节，就会看到运河上 舻相接、 桅高耸、白帆点点、百里不绝，十分壮观。除了粮船以外，航行在运河上的还有许多官船、 商船 和民船，南方生产的丝绸、茶叶、瓷器和北方生产的豆、麦、枣等特产，都通过 大运河 进行交易。《元史·河渠志》中说：“舟 万里，振古所无。”这一时期新兴的商业城市，十分之八九都分布在大运河沿岸。运河两岸商贾云集，货堆如山，店铺林立。城市以高大的城楼为中心，街道纵横交错，各种店铺鳞次栉比，有酒肆、茶馆、公 、寺观等。街道中乘骑、轿夫、挑夫、商贩等各色人等，熙熙攘攘。随着 济州河 、会通河的相继开通，岸边的 济宁市 、 东平县 、东昌、 临清市 等城市逐渐崛起为元代重要的工商业城市。这些城市宛若一串镶嵌在济州河、会通河上的明珠，璀璨辉映，耀人眼目。
元朝 以前，临清只是一个普通的小县城。会通河开通后，临清因为位于运河岸边而逐渐发展起来。公元1369年，临清迁到会通河、 卫河 交汇处——临清闸，另建新城。临清很快发展为中国 北方地区 最大的商业城市，到 万历 年间（1573—1619），临清有布店73家，绸缎店32家，杂货店65家，纸店24家，典当铺100多家，粮店100多家，瓷器店数十家， 客栈 数百家。在 临清市 经商者来自全国各地，其中最多的是 徽州 （今 歙县 ）商人——史称“徽商”，其次是“ 晋商 ”（ 山西省 商人）。 聊城市 “ 聊城市博物馆 ”就是山西、 陕西省 商人的“联络处”。
随着运河沿岸 商业经济 的繁荣，运河文化也随之发展起来。特别是南北 大运河 的大贯通，在地理上把 华北 、中原与 江淮 等几个文化重心区域联为一体，因而极大地促进了整个运河区域文化事业的蓬勃发展，使这里成为人才荟萃、文风昌盛之区。会通河岸的 东平县 ，便成为当时 杂剧 创作的中心。 东平 因杂剧家、 散曲 家辈出，而形成了典型的“东平杂剧”，深深影响了元代的杂剧创作，使元代杂剧在中国 文学史 上占有重要地位。
运河沿岸的城镇构成了一道新兴的文化带。这道文化带成为 齐鲁文化 的重心。例如，明清两代 山东省 出了10名状元，其中有6名出自运河文化带，他们是 武城县 韩克忠 ， 茌平区 朱之蕃 ， 聊城市 傅以渐 、 邓钟岳 ， 济宁市 孙毓桂 、 孙如仅 。
其他信息
① 上述数据录自《明史·河渠书》。关于会通河的南北落差，据近代测量，济宁旧船闸底高 微山湖 南端的蔺家坝底不到二米，高临清旧闸底不到八米。新数据似乎还须重新核实。这样长的河道，如果落差仅有几米，历史上就没有必要建立这么多的坝闸了。
② 料为古代 计量单位 。或以一石粮食为一料；或以两端截面方一尺、长七尺的木材为一料。