马来人种，是早期人类学家对 中南半岛 南部与南太平洋群岛人种的一种划分，在19世纪和20世纪初马来人种常被用来形容南岛民族。最初由 德国 科学约翰·弗里德里希·布卢门巴赫提出。主要分布于美拉尼西亚、 马来群岛 、波利尼西亚、 密克罗尼西亚联邦 、中国台湾地区、日本南九州、复活节岛、 马达加斯加 。
上古的 太皞 就是南岛语系居民的始祖之一。 凌纯声 先生主张波利尼西亚人的海神Taaroa即 太昊 。大汶口文化居民的体质与 波利尼西亚 人相似。《 淮南子 》说东方一万二千里是太昊、句芒治理的地域，应该是有历史的影子。
起源
大陆沿海
一项最新的研究成果证实：遍及两大洋的南岛居民，直接源于中国大陆的广大地区，而并没有通过 台湾岛 进行迁徙。这项关于《南岛西部人群和侗台人群的父系遗传关系》的研究，由 复旦大学 现代人类学教育部重点实验室与台湾 慈济大学 、印尼艾克曼分子生物学研究所、越南顺化医学院、 广西医科大学 等合作完成，其成果发表在最新一期 英国 出版的《生物医学中心进化生物学》杂志上。
在殖民时代之前，南岛民族是世界上分布最广泛的族群，其范围西至非洲的 马达加斯加岛 ，东至南美智利的 复活节岛 ，南至 新西兰 ，北至中国台湾岛，几乎遍及 太平洋 和 印度洋 。 南岛 民族的语言被划分为南岛语系，包含了世界上五分之一的语种。部分语言人类学家认为，南岛语系下有四个语族：泰雅语族、邹语族、排湾语族、马来波利尼西亚语族，其中前三个都只分布在台湾岛，所以整个南岛语系应该起源于台湾岛。
该项研究自2000年开始，调查了中国大陆侗傣民族的30多个群体、印尼和越南的南岛民族23个群体和台湾少数民族的11个群体，分析了这些民族的Y染色体多态性，发现他们最常见的Y染色体类型都是O1a型。课题组对于O1a型内部多样性的分析进一步发现，大陆侗傣族群的多样性最高，而台湾和马来族群的类型都只是从侗傣族群的类型中分别延伸出来的。台湾和马来族群的类型没有直接的联系。对这些族群中的其他Y染色体类型的分析也得到类似的结果。这一证据否定台湾作为南岛民族故乡的观点，反而认为台湾原住民高山族和其他南岛语族分别起源于中国大陆的古侗傣族群，支持把这三个类群归并为一个更大的分类学概念——澳泰族群。
中国上古的 傣族 与南岛语系民族有共同的祖先。百越种族众多，是南岛语系民族的祖先。他们在 青铜时代 的主要文化特色是有太阳光芒纹样的 铜鼓 。南岛语系民族善于航海。根据调查分析，整个澳泰族群发源于大约三万年前的中国广东沿海。大约两万年前，台湾族群的祖先开始从 广东省 、 广西壮族自治区 的南方沿海通过当时还露出海面的台湾地峡向台湾迁徙。而在大约一万年前，马来族群的祖先离开 北部湾 的 越南 和广东沿岸，沿着越南的海岸向南迁徙，一直到达马来半岛和 印度尼西亚 。大约3000年前，印度尼西亚的马来族群开始向 太平洋 和 印度洋 的深处探索，到达了夏威夷、复活节岛、 新西兰 和马达加斯加。
这一结论对于人类早期移民过程的研究意义重大，改写了 南岛 民族的史前史。
在此之前有另二种说法，来自中国云南或就起源于 马来群岛 。
大陆云南
云南 起源，主要的支持者有R.H Geldern, J.H.C Kern, J.R Foster, J.R Logen, Slametmuljana 和Asmah Haji Omar等。依据如下：
1.在马来群岛发现的古老斧头，与南亚的某些地区类似，说明有南亚居民移民马来群岛。
2. 马来族 的风俗与 阿萨姆邦 地区类似（阿萨姆是 印度 与 缅甸 之间的地区）。
3. 马来语 与 柬埔寨 的 高棉语 相似，而高棉人又被认为来自于 云南省 ，当年他们沿着 湄公河 南下到柬埔寨。
云南 起源说被广大人群所接受， 马来西亚 的中学历史课本中都介绍马来人起源于云南。依此学说，马来人的祖先分二批在不同年代从 云南 迁移到 马来群岛 。这二批马来人的祖先分别称为原始马来人（马来文：Melayu Proto）及 混血马来人 （马来文：Melayu Deutro）。原始 马来族 及混血马来人又合称南岛人（马来文: Indonesian ），二者的文化为 新石器时代 的文化。 南岛 人其实是最后移入马来群岛的人群。之前迁入的有 澳大利亚 人种（英文：Australoid），尼格利陀人（英文：Negrito）和 美拉尼西亚 人（英文：Melanesoid）。
群岛
支持者有J.Crawfurd、K. Him ly、Sutan Takdir Alisjahbana和Gorys Keraf等。论据如下：
1.马来人和 爪哇猿人 在19世纪都有很高的文化。能达到这种成就只有不断发展的本土古老文化才能达到。以此说明 马来族 并非来自任何地方。而是土生土长。
2.K.Himly不同意 马来语 与 高棉语 相似。认为二语相似只是表面印象，没有足够理据。
3. 爪哇岛 发现的梭罗猿人和维杰人。化石表明马来人是 马来群岛 起源，可能马来人就是来自爪哇岛。
4.马来群岛各族的语言与 中亚 属于印欧语系的语言有异。
马来群岛起源论在 马来西亚 只得到极少数人的支持。
体貌特征
马来人的基本外貌特征为：肤色浅棕，头发长而直，体毛髭须较少，部分人无髭。圆颅形。眼睛较大，鼻高而直，唇偏厚。身高中等偏低。
但 马来族 中不同民族的体貌特征也有区别。一些民族（如陆达雅克人）长期隐居在昏暗的热带雨林中，少见阳光，因此肤色白皙。还有一些民族（如帝汶人）混有澳大利亚人种血统，因此肤色更深，体毛发达。
波利尼西亚人与马来人有较明显的差异，他们身材高壮，肤色轻浅至古铜色，直发至波发，体毛略多，高颅，面部高阔，正颌，高鼻大眼，眼眶略高，看起颇像欧亚混血人种，兼有一些蒙古人种特点，铲形门齿出现率较高，蒙古斑出现率95%。大洋洲人种多见欧化倾向，如一些 巴布亚新几内亚 人鼻高而隆起， 美拉尼西亚人 不少拥有金发。学术界一般认为 波利尼西亚 人是马来人和欧化的大洋洲人种的混血后裔。
分类法
• 19世纪时，有多位自然 科学家 在种族的问题上发表了自己的观点，Blumenbach的五分法则是19世纪时比较常见的：
1. 欧罗巴 人种，即白色人种，主要分布在欧洲、西亚等地
2. 蒙古人种 ，即黄色人种，主要分布在东亚、 中亚 等地
3. 埃塞俄比亚 人种，即黑色人种，主要分布在非洲、 大洋洲 等地
4. 美洲 人种，即红色人种，主要分布在美洲
5.马来人种，即 棕色人种 ，主要分布在 马来群岛 与大洋洲
• 在Blumenbach之后的几十年里，研究人员渐渐将美洲、马来两个人种归并于蒙古人种，结果进入20世纪初剩下三个主要的人种：
1.欧罗巴人种，即白色人种
2.蒙古利亚人种，即黄色人种
3.尼格罗人种，即黑色人种（包括 巴布亚新几内亚 人、 美拉尼西亚 人等大洋洲 土著 ）
• 20世纪最常见的分法是由美国人类学家Carleton S. Coon提出的：
1.刚果人种，即黑色人种
2. 欧罗巴 人种，即白色人种
3. 蒙古人种 ，即黄色人种
4. 澳大利亚 人种，即棕色人种